同济大学医学院院系专业截至2021年6月，学院设有10个教学机构，开设3个本科专业，自2019年起，学院临床医学专业本科生（拔尖卓越培养）以“医学实验班”大类招生入学

 机构框架：基础医学院、十院临床医学院、同济临床医学院、东方临床医学院、肺科临床医学院、一妇婴临床医学院、附属杨浦医院、附属养志康复医院、附属皮肤病医院、附属上海市第四人民医院、附属浦东精神卫生中心、药学院(筹)、护理学院(筹)、公共卫生学院(筹)、康复医学院（筹）、生物工程与纳米科学研究院、实验动物中心、实验教学中心 本科专业：临床医学（拔尖卓越培养）、临床医学（5+3一体化）、临床医学 附属医院：同济大学附属第十人民医院 (上海市第十人民医院)、同济大学附属同济医院 (上海市同济医院)、同济大学附属东方医院 (上海市东方医院)、同济大学附属上海市肺科医院 (上海市肺科医院)、同济大学附属第一妇婴保健院 (上海市第一妇婴保健院)、同济大学附属杨浦医院 (上海市杨浦区中心医院)、同济大学附属养志康复医院 (上海市养志康复医院)、同济大学附属皮肤病医院 (上海市皮肤病医院)、同济大学附属上海市第四人民医院(上海市第四人民医院)、同济大学附属精神卫生中心 (上海市浦东新区精神卫生中心) 

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