法国海洋开发研究院下设机构法国海洋开发研究院有渔业和海洋生物、环境和海洋研究、海洋技术3个业务部门
下设5个研究中心：布雷斯特中心（即布列塔尼海洋科学中心），滨海布洛涅中心（以水产研究为主），南特中心（即南特海洋渔业科学技术研究所），土伦中心(即地中海海洋科学基地)，塔希提中心(即太平洋海洋科学中心)，分别从事海洋科学和技术研究
这些机构自建立以来，在海洋生态、渔业、水产养殖、潜水技术的研究等方面取得了很大成就
该院拥有包括“让·夏尔科”号在内的海洋调查船13艘，以及“西安纳”号等潜水器
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