法国国家农业研究院主要部门科研体制分为3级:第1级按学科设24个研究部，包括生物气候学、农艺学、土壤科学、植物遗传改良、动物遗传改良、森林研究、消费科学、农村社会经济学等;第2级按自然经济区和地理位置在全国设21个研究中心,如凡尔赛、图卢兹、波尔多等中心;第3级根据需要设若干个专业委员会,如动物生产咨询委员会、农业气象专业委员会、生物技术专业委员会等
另外还有科技情报和成果审定办公室、新闻处、信息办公室、培训办公室等
全院有 300多个实验室、研究站和试验场
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