中国水产学会学会宗旨以邓小平理论、“三个代表”重要思想和科学发展观为指导，团结和动员水产科技工作者以经济建设为中心，坚持科学技术是第一生产力的思想，实施科教兴国战略、人才强国和可持续发展战略，促进水产科学技术的普及和推广，促进水产科技人才的成长和素质提高，促进水产科学技术与经济的结合，促进水产科学技术的繁荣与发展，为加速实现我国渔业现代化建设目标做出贡献
学会坚持民主办会的原则和“百花齐放、百家争鸣”的方针，提倡学术观点自由讨论和“奉献、创新、求实、协作”的精神
学会的活动遵守宪法、法律、法规和国家政策的规定，遵守社会道德风尚
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