国家超级计算深圳中心软件环境1

国家超级计算深圳中心软件环境1. 操作系统计算节点和前端接入节点的操作系统均为64位SuSE Linux EnterpriseServer(SLES)11SP1,提供标准的64位Linux操作系统环境

用户需要事先适当熟悉一些基本的Linux命令行操作,特别是文件目录操作,并能熟练使用一种器(vi或emacs等)

2. 作业调度系统大规模超级计算系统,为了有效利用众多处理器核心所提供的计算能力,需要有一个作业管理系统,统一地跟用户交互,接收提交的各类计算任务,合理分配计算资源,将用户作业指派到具体的节点执行,对用户来说,不需要关心计算具体在哪里进行的,系统会自动按照最优化原则进行调度,这不仅方便了用户的使用,更提高了整个系统的利用率

作业管理系统是整个超级计算机最重要的软件环境之一,目前在曙光6000超级计算机上使用的作业管理系统是Platform公司的LSF(LoadSharing Facility)作业管理系统

3. 编译器和并行实现曙光6000主机系统支持OpenMP和MPI两种并行方式

OpenMP为共享内存方式,仅能在一个计算节点内并行,最大线程数不能超过该节点处理器核心数(GS/GG/GK分区为12,Fn分区为32)

MPI则是分布式内存并行,计算作业可以在一个或者若干个节点上进行,最大进程数仅受用户账号所能调用的CPU总数限制

目前常见的支持InfiniBand网络的MPI实现是MVAPICH/MVAPICH2和OpenMPI

4. 数学库开放源代码程序往往要调用大量的数学函数进行各种计算,经过长期积累,已经有一些比较成熟的标准化数学库,其中最常见的诸如线性代数方面的BLAS、LAPACK、ScaLAPACK和快速傅里叶变换FFT等等

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