交通运输部科学研究院部门设置根据2018年7月研究院官网信息显示，研究院设有怀柔实验基地和顺义基地，其中怀柔实验基地下设1个综合管理办公室、3个分实验室、7个专业检测室，顺义基地包含3大研究平台的8个实验室
怀柔实验基地分实验室：极端气候条件下道路结构性能衰变规律实验室、绿色道路材料应用技术实验室、微观结构物化分析实验室顺义基地实验室：交通工程安全应用技术实验室、沥青分子工程实验室、交通水土保持技术实验室、道路路域生态学与生态修复实验室、交通建设与运营安全实验室、水上污染损害评估与溢油应急处置技术实验室、RFID技术交通应用实验室、交通物联网工程应用技术实验室
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