交通运输部科学研究院资质证书根据2018年7月研究院官网信息显示，研究院资质证书如下：船舶液货舱计量检定/校准（国家级）、轨道交通检验检测资质认证（国家级）、应用软件检验检测资质认证（国家级）建设项目环境影响评价（甲级）、公路工程监理（甲级）、工程咨询甲级资质（甲级）生产建设项目水土保持方案编制（四星）、生产建设项目水土保持监测（三星）公路水运工程试验检测机构交通工程专项资质、公路水运工程试验检测机构公路工程专项资质 （乙级）、公路工程设计（乙级）交通产品认证机构资格、计算机信息系统集成资质（三级）、信息安全服务资质认证 （三级）、软件能力成熟度模型集成资质CMMI （三级）环保工程专业承包施工资质、检验检测机构计量资质认证 （CMA）、国际互认检测实验室认可证书（CNAS）、财政部PPP咨询机构库首批入库机构
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