交通运输部公路科学研究院研究部门据2017年12月研究院官网显示，研究院设有国家检测中心3个、国家工程研究中心3个、国家工程实验室1个、交通行业检测中心6个、交通行业重点实验室6个、研究中心8个

 国家检测中心：国家道路与桥梁工程检测设备计量站、国家道路及桥梁质量监督检验中心、国家汽车质量监督检验中心（北京通州）国家工程研究中心：公路养护技术国家工程研究中心、国家智能交通系统工程技术研究中心、国家环境保护道路交通噪声控制工程技术中心国家工程实验室：桥梁结构安全技术国家工程实验室交通行业检测中心：公路工程检测中心、交通工程检测中心、节能减排技术服务中心、能源利用监测中心、汽车挂车质量检验中心、汽车保修设备质量检验中心交通行业重点实验室：道路结构与材料交通行业重点实验室、旧桥检测与加固技术交通行业重点实验室、公路交通安全安全技术交通行业重点实验室、智能交通技术交通行业重点实验室、运输车辆运行安全技术交通行业重点实验室、公路交通环境保护技术交通行业重点实验室研究中心：交通公路工程研究中心、桥梁技术研究中心、公路交通安全工程研究中心、交通智能运输系统工程研究中心、公路交通发展研究中心、汽车运输技术研究中心、交通物流工程研究中心、公路交通环境工程研究中心 

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