海南热带海洋学院合并发展1992年，海南省人民政府向国家教委申请正式建立琼州大学

 1993年7月，国家教委正式批准在海南通什师范专科学校和海南通什教育学院合并组建为琼州大学（专科）

 1994年4月，琼州大学在通什市（现五指山市）挂牌成立

 1999年，试办本科，首批招收汉语言文学、数学与应用数学2个专业

 2006年2月，中华人民共和国教育部同意在琼州大学的基础上正式设立琼州学院（本科），并撤销琼州大学建制； 同年4月，海南民族师范学校并入琼州学院

 2008年1月，琼州学院三亚校区正式开工建设；同年4月，经中华人民共和国教育部批准，学校为教育部“教育援外基地”；9月，学校外语系、计算机系、物理系、旅游系、数学系等共3500多名学生进驻三亚新校区上课，学校办学主体逐步由五指山向三亚转移

 2009年9月，学校所有新生在三亚校区报到入学；同年，学校获得学士学位授予权单位

 2010年12月，海南省人民政府和三亚市人民政府签署共建琼州学院协议，琼州学院成为省市共建高校

 2011年，申报成为“服务国家特殊需求人才培养项目”——培养旅游管理硕士专业学位研究生试点单位

2012年，成为上海合作组织大学中方成员院校

2013年，通过教育部本科教学工作合格评估；同年，成为民政部首批国家社会工作专业人才培训基地

2014年，学校大学科技园被认定成为国家级大学科技园

2015年，成为中国-东盟教育培训中心；同年9月，“琼州学院”更名为“海南热带海洋学院”

2018年12月，海南省海洋与渔业科学院转隶归属学校管理

 2020年9月，成为全国高校海洋类学术期刊联盟理事单位 ；同年12月，被国家卫生健康委等授予“无偿献血促进奖”

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