赣南医学院药学院研究方向设在学院内的江西省高等学校天然药物研究与开发重点实验室，开展了天然药物物质基础分析、心血管疾病药物研究、神经系统药物研究、免疫系统药物研究等四个研究方向，既有分工又有交叉融合，形成了多学科结合的强有力科研集体，推动了学科的建设和发展
现有固定资产近900万元，拥有先进的高效液相色谱仪(HPLC)、气质联用仪(GC-MS)、傅立叶红外光谱仪(IR)、原子吸收光谱仪(AAS)、八道记录仪、动物脑立体定位仪、多道生理信号采集处理系统、流式细胞仪、荧光定量PCR、荧光生物倒置显微、PCR扩增仪、二氧化碳培养箱等实验教学和科研仪器
学院以天然药物研究与开发为重点科研方向，主攻赣南中草药的开发与应用，近年承担各级各类课题74余项，其中主持承担了国家自然科学基金3项，省自然科学基金7项，省卫生厅和教育厅课题22项；多项科研成果达到省内领先、国内先进水平，获江西省高校科技成果二等奖1项；发表专业学术论文200余篇，其中中文核心期刊百余篇，SCI收录20多篇；主编和参加编写教材和专著20多部
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