赣南医学院第一附属医院科室设置医院设有消化内科、心内一科、心内二科、神经内科、呼吸内科、肿瘤科、血液科、内分泌科、肾内科、风湿免疫科、神经外科、泌尿外科、骨科、胃肠外科、肝胆外科、心胸外科、乳腺外科、整形外科、血管外科、普通外科、新生儿科、儿科、小儿外科、妇产科、眼科、耳鼻咽喉头颈外科、口腔科、皮肤性病科、急诊科、重症医学科、康复科、心脏ICU、中医科、心理咨询门诊、全科医学科、烧伤（创面修复）科、疼痛科、麻醉科、康复中医科、内窥镜室、理疗科、生殖医学科、超声诊断科、CT/MR室放射科、药剂科、检验科、输血科、病理科、消毒供应中心、健康体检科等临床和医技科室
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