宣政院历史沿革元中统元年（公元1260年）十二月，忽必烈封吐蕃萨迦的八思巴为“国师”，授玉印，命其统领天下释教

 至元元年（公元1264年），忽必烈派八思巴兄弟回西藏主持建立西藏行政体制，除赐给八思巴珍珠诏书外，忽必烈决定在中央政府中设立一个将管辖佛教和藏族地区事务结合起来的特别机构，这就是总制院

这时总制院的职责偏重于佛教事务，兼治吐蕃事务是因为国师掌管藏族地区事务的缘故

 至元二十五年（公元1288年）十一月，尚书右丞相兼总制院使桑哥，以总制院统领吐蕃各宣慰司军民财谷，责任甚重，宜加崇异，奏请用唐朝皇帝在宣政殿接见吐蕃使臣的故典，改名为宣政院

灭宋后，即置江南释教都总统

至元二十八年（公元1291年），又分设行宣政院于杭州，掌江南各省佛教，其后曾两度废而复置

吐蕃发生变乱，亦设行宣政院前往当地处置，唯重大军事行动需与枢密院商议

诸路、府、州、县置僧录司、僧正司、都纲司，为宣政院下属地方机构，管理各地佛寺、僧徒

至大四年（公元1311年），罢僧录等司，凡僧人词讼皆归管民官决断

至顺二年（公元1331年），复于各省置广教总管府十六所，掌管僧尼政事，由宣政院选僧俗官任达鲁花赤、总管等职

元统二年（公元1334年），宣政院所辖吐蕃之地，分设三道宣慰司：吐蕃等处宣慰司都元帅府（又称朵思麻宣慰司）、吐蕃等路宣慰司都元帅府（又称朵甘思宣慰司）、乌思藏纳里速古鲁孙三路宣慰司都元帅府（又称乌思藏宣慰司）

宣慰司下辖安抚司、招讨司、宣抚司和元帅府、万户府等

自宣慰使都元帅至万户等各级官员多以当地僧俗首领担任，由帝师或宣政院荐举，朝廷授职

至正二年（公元1342年），又附设崇教所，治理僧俗庶务

若遇地方蕃寇起事，则于其地设行宣院担任讨伐事宜，平息后则废止

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