重庆抗战遗址博物馆建筑布局重庆抗战遗址博物馆位总占地500余亩，遗址面积4053平方米，每一处遗址都是一处特色景观
遗址博物馆包括重庆黄山抗战遗迹博物馆参观游览区、重庆抗战遗址博物馆休闲旅游区、重庆抗战遗址博物馆保健疗养区、重庆抗战遗迹研究中心等区域
其中，博物馆的参观游览区，包括13处文物景点、一个综合陈列馆和一部分室外陈列
13处文物景点包括云岫楼（蒋介石官邸）、草亭（美国总统特使马歇尔旧居）、松厅（宋美龄别墅）、莲青楼（美军顾问团住址）、松赖阁（宋庆龄别墅）、云峰楼（何应钦寓所）、侍从室（蒋介石警卫人员所居住）、周至柔旧居（国民党空军司令周至柔居室）、黄山小学（抗战遗孤学习、生活地）、孔园（孔祥熙的二女儿孔令伟的别墅）、望江亭观景点、防空洞、发电机房
博物馆的休闲旅游区，包括人们休闲、娱乐等场地；抗战遗迹研究中心，则主要对重庆抗战文化进行深入的探讨和研究工作
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