理藩院中央理藩院设尚书满洲一人，左右侍郎满洲各一人，额外侍郎蒙古一人
尚书是理藩院的最高领导，管理院内一切事实：“掌外藩之政令，制其爵禄，定其朝会，正其刑罚
尚书侍郎率其属以定议，大事之上，小事则行，以布国之威德”
“尚书掌内外藩蒙古、回部及诸藩部，制爵禄，定朝会，正刑罚，控驭抚绥，以固邦翰”，“侍郎二之”， 即侍郎仅次于尚书，是理藩院的第二领导
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