理藩院宗教职能清朝统治者从皇太极到乾隆， 一向对喇嘛教采取利用态度， 作为麻醉人民的精神鸦片，为巩固其封建政权服务 ，正如昭梿所说：“国家宠幸黄僧， 并非崇奉其教， 以祈福祥也

袄以蒙古诸部敬信黄教已久，故以神道设教，藉仗其徒，使其诚心归附，以障藩离

” 清朝统治者在利用喇嘛教方面采取了笼络喇嘛教上层人士和修建喇嘛庙两种措施，并以对喇嘛加以恩惠的手段控制当地人民

理藩院管理喇嘛事务，主要包括：（1）登记造册喇嘛呼毕勒罕

“凡喇嘛有行者， 能以神识转生于世， 日呼毕勒罕

” 所有喇嘛都是由呼毕勒罕转生而来，需经理藩院登记

（2）掌管金瓶掣签

达赖、班禅既是西藏的行政长官，又是宗教领袖，死后被认为还要转生，由死时的出生婴儿（灵童）继承职位

由于制度不严，往往出现数个“灵童”，引起继承权之争

加之大农奴主往往操控此事，积弊甚深

清政府为解决这一矛盾，规定凡出现两个以上“灵童”，便采取金瓶抽签的方法，中签“灵童”为合法继承人，这就是“金瓶掣签”制度

 理藩院负责对金瓶掣签的掌管，以维护达赖、班禅转生的合法性

（3）办理喇嘛的朝觐，在京喇嘛的等级考核、职位升降、调补以及修建寺庙等

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