理藩院司法职能司法职能是理藩院的又一重大职能，据记载：“臣院综理内外蒙古、回部事务，凡蒙古、回部升降袭替、户婚田土、年班朝觐、仓粮军政以及议处议叙，并命盗案件， 均关紧要

” 《乾隆朝会典》中也规定“青海、厄鲁特、西藏、准噶尔之地，咸入版图，其封爵、会盟、屯防、游牧诸政事，厥有专司

 可见，作为管理边疆民族特别是蒙古、回疆及西藏事务的中央机构，理藩院管辖着蒙古、回疆和西藏地区的民事、行政和刑事等各项案件

理藩院是清代蒙古及回疆地区的上诉机构，掌管着一般的刑事、民事案件，对于大多数的普通案件来说，其具有终审权

顺治八年（1652年）理藩院奏请获准“外藩蒙古人有讼，赴各管旗王、贝勒等处申告，若审理不结，令协同会审旗分之王、贝勒等公同审讯，仍不结，王等遣送赴院

” 这表对于民事案件，理藩院具有独立的终审权

理藩院的秋审权与其他民事、刑事案件的管辖权有所不同，与重大命案需要三法司会审式案件的管辖权也有所不同，由于秋审本身具有一定的象征意义，所以理藩院的秋审权也更多的是一种形式主义

关于理藩院所管辖少数民族区域的秋审案件，均由理藩院会同九卿进行秋审复核

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