理藩院行政职能管理会盟清朝蒙古地区存在着许多“盟”和“旗”，他们既是政权组织，又是军事组合和社会组织

每旗设札萨克（旗长）等官员管理，一旗或数旗合为一盟，设盟长和副盟长

 这就是盟旗制度，盟旗制度是满洲贵族创建的八旗制度的形式，充实以蒙古族缘由的社会制度具体内容的产物

清政府通过理藩院管辖各盟旗

盟旗制度下的盟指的是会盟制度

清政府规定，一旗或多旗合为一盟，在指定地点会盟

每盟设盟长一人，办理会盟事务

盟长由本盟内札萨克中选人，上报理藩院，由理藩院任命人选，颁给印信

会盟的主要内容为“理清刑名，编审丁籍”， 会盟的礼节十分隆重，届时清政府要派大臣带随行官员前往

漠南蒙古各盟，盟长各于所属三年一会

雍正六年（1728年），漠南蒙古每盟增设副盟长一人，协同盟长办事

喀尔喀蒙古（漠北蒙古），从雍正三年（1725年）开始，清政府不再派大臣参加，而由西宁办事大臣负责把会盟情况转报理藩院查核，“如各盟长有违例不公事件，一经告发，或别经参奏，由院再行奏请特派大臣前往办理” 

清朝以理藩院管理蒙古族各部的盟旗，目的是加强对蒙古族各部的统治，在客观上有利于蒙古族社会的稳定，从而维护中央政府的统治

稽查户丁稽查户丁是理藩院为掌管地区人口和满足兵源的一项行政职能

按照《理藩院则例》之规定，蒙古地区十八至六十岁皆应登记入册

每隔三年一次稽查，先由理藩院请旨，发给各旗空白造册，再由各旗首领其将三年内裁添人丁数目详细登记载入，在十月内报理藩院

在编审比丁时，隐瞒户口之事常有发生，故《理藩院则例》规定，内外札萨克各旗审丁时，数目开载不全，后虽声明，仍照隐丁例办理

隐瞒比丁分别惩罚

 如有隐瞒人丁情况发生，不仅要扣管旗之亲王、郡王、贝勒、贝子、公、札萨克台吉、塔布囊三个月俸禄，还要将被隐瞒的人丁记录在案

不慎漏计人丁的，对漏记人及相关者都要处以罚畜的惩罚，并且奖励举报人

征收税款理藩院还具有征收税款职能

边疆少数民族地区的税款征收原本是由地方官办理的，但由于地方官征收的标准和数量难以统一，乾隆帝决定把征税职权收归中央，由理藩院派专员前往征税

乾隆十七年（1752年）准奏：“八沟东西二街税银，于乾隆十四年（1749年）奏准交地方官征收

东街所征各项税银，每年赏给喀喇沁札萨克王等，养赡穷乏蒙古

今该札萨克呈报东西二街税银，该地方官征收多寡不一，请将赏给东街税银，仍照旧例交该旗自行征收

其事难行

惟是各处收税，均设专官经理，今八沟初定收税章程，交地方官永远办理，二街税银，难免参差，蒙古人心，亦不能遵服

应将地方官征收之处停止，于本院司官内简选干员，拟定正陪引见，前往征税，所收税银，于十分内赏给该旗三分，以为养赡蒙古之用

” 卡伦和驿站管理清代蒙古各部曾设置许多卡伦和台站

在领导体制方面，在中央机构中，主要由理藩院进行管理，具体地说，理藩院旗籍掌考漠南蒙古地区，典属负责漠北、漠西蒙古地区、满档房负责派往管理驿站的官员；同时，亦以兵部协助理藩院负责监督检查

 清代蒙古地区的驿道称为台站

因区域不同，清代蒙古台站可分为漠南蒙古、漠西蒙古和漠北蒙古三部分，他们是在清朝多民族国家发展的不同时期逐渐形成的

康熙中期，为迅速平定噶尔丹内乱，更具转运物资和传递军报的需要，清政府在漠南蒙古地区开始大规模设置官方固定驿站

康熙三十一年（1692年），康熙帝谕示：为“不致迟延误事”，“设立驿站”

 康熙三十一年（1692年）三月，由理藩院尚书班迪等前往漠南蒙古亲自筹划

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