理藩院军事职能理藩院大臣早在顺治时期就已经参政议政，康乾时期更是参与军事行动的策划工作
参与多伦会盟、平定准噶尔叛乱等一系列国家军政大事的筹划工作
在雍正年间，理藩院侍郎佛保被授为内阁学士
乾隆时理藩院尚书纳延泰先为军机大臣，继则又兼议政大臣；理藩院尚书索林、侍郎庆桂或任库伦办事大臣，或为伊犁参赞大臣
理藩院对各盟旗下的军用物资定期进行简约管理，乾隆四十年（1775年）议定：“内札萨克六盟各旗兵丁军装器械，每三年一次，该盟长等会集点检有无残缺，及兵丁驼马数目，造具细册，声明报院核查办理
”对于军器的买卖，也不得私下进行，都要报理藩院并由理藩院开具出口信票后才能进行交易
康熙二年（1663年）题准：“蒙古人买军器带往者，令札萨克王、贝勒、贝子、公等，详开某佐领下某人、买何器械、数目若干，具文差官报院
不差官不详开者，不准给出口信票
” “蒙古王、贝勒、贝子、公等，欲向归化城买马驼者，报院转奏请旨，本院给印文令往，不得擅刑
”
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