理藩院后期发展嘉庆（1796年—1820年）时期直至宣统三年（1911年）辛亥革命爆发，理藩院人事和建制经历了频繁变革

嘉庆四年（1799年）裁掉满洲郎中、员外郎各一人

嘉庆七年（1802年）木兰围场隶热河都统

道光十四年（1834年）添设喇嘛印务处贴写笔帖式二人，学习笔帖式四人

晚清理藩院的另一大变化，表现在丧失了对俄国的外交职能

在咸丰八年（1858年）《天津条约》签订后，清廷便丧失了对俄的外交职能

《天津条约》规定“嗣后两国不必由萨纳特衙门及理藩院行文，由俄国总理各国事务大臣， 或径行大清之军机大臣，或特派之大学士， 往来照会”

 从此，俄国照会专送清朝军机处，不再通过理藩院

此时理藩院处理对俄事务的职能已大为削弱， 但还未丧失殆尽

理藩院对俄国交涉职能的全部丧失， 是在清朝政府成立“总理衙门”之后

《北京条约》签订后，西方列强希望清廷能设立一个专门负责外交事务的中央机构，英国使馆秘书威妥玛就曾表示清朝“如能设立专办外国事处地方， 则数十年求之不得”

 当时清政府正处于内忧外患的穷迫中，内有太平天国起义，外有列强瓜分，而当时慈禧等领导人认为攘外必先安内，于是决定向列强妥协，于咸丰十一年（1861年）设立了总理衙门

总理衙门统办清朝对外通商和交涉问题，其内部组织中的俄国股负责与俄国的陆路通商、边防疆界、礼宾庆典诸事

 总理衙门的设置，也标志着理藩院外交职能的全部丧失

光绪三十二年（1906年）9月1日，光绪帝发布上谕宣布预备立宪以挽救风雨飘渺的清王朝

谕中认为，要改变“政令积久相仍，日处陆险，优患迫切”的局面，惟有“仿行宪政”，而“廓清积弊，明定责成，必从官制入手

” 不久，光绪帝奉慈禧懿旨，再次发布上谕，宣布正式厘订中央新官制，“理藩院著改为理藩部

 ”光绪三十三年（1907年），清廷提出了理藩部组织机构的调整计划，欲将满档房、汉档房、俸档房、督催所等合并，改为领办处；蒙古学扩充为藩言馆，以培养精通蒙语的人才；司务厅、当月处、银库、饭银处、喇嘛印务处均“一仍旧制”，采取原来的制度

 光绪三十四年（1908年）因蒙古来觐见王公多年不居住内外馆，内外馆监两职被裁撤

宣统三年（1911年），清政府内阁官制改组，成立责任内阁，理藩部与其它部一样，尚书改称大臣，侍郎改称副大臣

理藩院改为理藩部，是“清末新政”中“改革官制”的一个环节

表面看来是实施新政，实则清廷在内忧外患中的一项无奈之举

改定官制后的理藩部和之前的理藩院实质上并未有所区别

原理藩院旗籍、典属、王会、柔远、徕远、理刑六司的职掌也并未变化，其改变只不过是把理藩院的“院”字改成了“部”字

光绪末年理藩院组织机构的变化，是清政府对抗人民革命运动、延缓清王朝的政权寿命而采取的众多措施中的一环

显然，这种变化在性质上和清代前期的历次变化是不同的，也并未取得任何积极效果

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