理藩院蒙古衙门努尔哈赤去世前，漠南蒙古科尔沁、扎莱特、特尔波特、郭尔罗斯四部已经归顺，但是由于当时还存在察哈尔和林丹汗的力量，漠南蒙古诸多部落又未归顺，努尔哈赤设置专管蒙古行政机构条件还不成熟

从以科尔沁为首的蒙古诸部落归顺后金至天聪五年（1631年），后金一直未设立管理其他民族的统治机构

天聪五年（1631年）六月，皇太极设立吏、户、礼、兵、刑、工六部，各部中均设蒙古承政一员，负责处理有关蒙古的事务

至崇德元年（1636年），漠南蒙古归顺清朝，其管理事物也越来越多

此时，各部的承政已经远不能满足管理蒙古事务的需要，于是，于“崇德元年，设蒙古衙门，置承政、参政各官

” “以尼堪和塔布囊达雅齐为承政，令置若干参政”，负责蒙古各部的编旗、会盟、赏赐、司法等事务

 至此，理藩院的前身蒙古衙门正式创立

“蒙古衙门初设时，有承政三四员，其余皆为参政，官止二等”

 蒙古衙门的创立不仅使清朝有了管辖蒙古事务的专门机关，其作为理藩院的前身也对日后理藩院的发展和壮大有着重大意义

正如《清史稿》所述“理藩一职，历古未有专官，唯周官大行人差近之

秦汉以降，略存规制

遐荒绝漠，统治王官，为有清创制

” 崇德三年（1638年）更名理藩院

 可见，理藩院开创了专管少数民族机构的先河

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