理藩院职能完善顺治元年（1644年），改置理藩院尚书、侍郎；顺治十六年（1659年），定以礼部尚书兼掌院事，侍郎衔协理院事

顺治十八年（1661年），定官制同六部 ，理藩院尚书亦入议政之列，班居工部之后

 顺治十八年（1661年）正月，康熙帝即位后，清朝统治者认为：理藩院专管外藩事务，责任重大，“今作礼部所属，于旧制未合

嗣后不必兼礼部衔，仍称理藩院尚书、侍郎，其印文亦著改正铸给” 

同年八月设立理藩院四司，即录勋司、宾客司、柔远司、理刑司

九日，又以康熙帝名义晓谕吏部：“理藩院职司外藩王、贝勒公主等事及礼仪刑名各项，责任重大，非明朝可比，凡官制体统应与六部相同，理藩院尚书照六部尚书，入议政之列

该衙门向无郎中，今著照六部，设郎中官”

吏部于是议定：“理藩院”应增设各司郎中共十一员，员外郎共二十一员”，“理藩院尚书衔名列于工部之后” 

康熙四十年（1701年），理藩院柔远司划分为柔远前司和柔远后司

理藩院在雍正年间曾酌量增加一些办事人员

雍正帝即位初曾以廉亲王胤禩为理藩院尚书，又命裕亲王保泰办理理藩院事务，此即“以王公大学士兼理院事” 

雍正七年（1730年）十一月，根据雍正帝“八旗游牧地方，甚属紧要” 的谕示，理藩院又设置了巡按游牧御史

雍正十年（1732年），又复设满洲笔帖式十七人，蒙古笔帖式十四人，分隶各司

乾隆二十二年（1757年），理藩院组织机构趋于完善，改录勋司为典属司，宾客司为王会司，柔远后司为旗籍司，柔远前司仍为柔远司

清政府平定霍集占兄弟叛乱后，乾隆二十六年（1761年），乾隆帝又谕示军机大臣：“理藩院专管蒙古事务，尚可兼办回部

著将理藩院五司内派出一司，专办回部事务”

 于是，理藩院司属机构再行调整，并旗籍、柔远为一司增设徕远司专管回部事务

乾隆二十七年（1762年）闰五月，鉴于原徕远、旗籍“两司所办事件各有不同，若责成不专，恐办理日久，不免桝错弊” ，旗籍、柔远仍分为两司

乾隆二十九年（1764年），因旗籍司、典属司“就其执掌、按之司名，究亦未符” ，便再次改典属司为旗籍司，其旧旗籍司仍为典属司

至此，理藩院共设旗籍、王会、典属、柔远、徕远、理刑等六司及其他单位

此组织形态，迄清末法制改革为止未有改变

康乾时期是清朝统一多民族国家历史发展中风云激荡的年代

这一时期，清王朝中央政权加强了和蒙古、新疆、西藏等少数民族居住地区的联系，各民族之间的的交往日益密切

同时，噶尔丹、阿睦尔撒纳、大小和卓相继反清或叛清

理藩院作为清王朝管理少数民族地区事务的中央机构，在康乾时期，正是在处理错综复杂的民族事务中，在解决清中央政权和少数民族的关系中逐渐发展和日益完善的

所以，康乾时期理藩院组织机构的发展变化，和清王朝统一多民族国家的巩固发展息息相关

日益完善的理藩院机构，又促进了清朝统一多民族国家的巩固和发展

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