理藩院直接原因崛起于东北的满族首领努尔哈赤，起兵反明后，实力渐增，天命四年（1619年）萨尔浒之战，努尔哈赤大败明军
努尔哈赤扬言：“不要幻想汉人政权是永久的，我是暂时的”， “南京、北京、汴京本非一人所居之地，乃女真、汉人轮流居住之地”， 反映了他入主中原的愿望
皇太极即位后，欲得中原的心情更为迫切
满洲首领把进攻明朝、夺取中央政权定位基本政策，对明朝构成了巨大威胁
当时，除了中原地区的农民军外，明朝、满洲首领和漠南蒙古形成了鼎足之势
在明政府和满洲首领之间，漠南蒙古地理位置很重要，是缓冲地带
漠南蒙古的向背，直接影响明朝政府和满洲首领力量的消长
满洲首领为了消除进取中原的后顾之忧，决心争取和控制漠南蒙古
皇太极曾说：“取燕京如伐大树，须先从两旁斫削，则大树自仆”
清代理藩院的设置的目的，正是为满足满洲首领为“砍倒”明朝这颗大树，以便进取中原而采取的战略措施，也是满洲首领为进取中原而与漠南蒙古关系发展的必然趋势
从一定意义上来说，理藩院就是为满洲首领为了更好得控制和管理蒙古所设，目的是为了更快地进取中原
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