内三院机构成立皇太极继汗位以后，不断加强皇权，至天聪十年（1636年）四月，皇太极自称宽温仁圣皇帝，改国号大清，改元崇德，终于完成了向君主集权制过渡的关键一步

在崇德改元前一个月，皇太极“改文馆为内三院，一名内国史院、一名内秘书院、一名内弘文院” ，并详细规定职掌，任命负责官员，为内三院发展成为政府中枢机构奠定了重要基础

文馆设立不久，就有更馆名的呼声，如天聪五年（1631年）参将宁完我上疏言“臣等公疏，请设六部、立谏臣、更馆名、置通政、辨服制等事，疏经数上，……” ，但皇太极对此事不作回应，更馆名的呼声也随之沉寂

至天聪九年（1635年），改革文馆的提议又重新出现，先是同年二月，正红旗牛录章京许世昌奏称“天子股胧宜立

一代之兴必有一代之臣，相与赞襄开导，共造封疆，所谓辅弼重臣，上应天心者也

我朝枚卜之举，实有未行

不过曰书房，岂堂堂立国之体哉” 

十二月，梅勒章京张存仁又条奏曰“改文馆为内阁中书科，以彰官制，其笔帖式亦应加中书科名色，分大小副参游守，为阁老翰林等官”

 这次皇太极采纳了改革文馆的意见

之所以此时采纳改革文馆的意见，是因为对内，皇太极经过一系列的努力，使皇权实力终于完全凌驾于八旗贝勒之上

对外，皇太极消除了后金国家东北、西北的隐患，又争取到了大量明朝降臣作为攻明的助手，与明朝对峙的局势已成，建立君主集权制国家的外部条件成熟

至此，皇太极的势力远远超过八旗贝勒，由八和硕贝勒共治国政向君主集权制过渡的内部条件已经具备

在内外条件具备的情况下，建立八旗制度下的君主集权制国家已是大势所趋，这时皇太极需要扩大文馆组织机构，给予其明确职掌分工，以便应付改元后的繁杂事务

同时，文馆的改革也有利于彰显中央集权官制，使国家机构与皇太极改元称帝相匹配

在这种历史背景下，内三院应运而生

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