紫阳书院重修时期正德七年(1512年）郡守熊桂重修紫阳书院，并亲自主教.正德十四年郡守张芹，别建书院于紫阳山中，从此，歙县有两个紫阳书院，讲学之风称盛一时.明末四毁书院，两书院门庭冷落.清代，康熙,乾隆先后御题"学达性天","道脉薪传"两匾额.乾隆五十五年(1790年）歙人曹文埴，鲍志道等于县学后朱文公祠建"古紫阳书院",重振讲学之风，桐城姚鼐曾讲学于此.咸丰，同治年间，两书院均遭兵毁.后筹工局拨款重修古紫阳书院，并改为校士馆.光绪三十三年(1907年），紫阳师范学堂设此.以后，书院旧址均办有学校.现存有"古紫阳书院"碑坊一方耸立在歙县中学后的一个高坡上
历史上，以“紫阳”命名的书院很多，分布在徽州、苏州、杭州、漳州、汉口等地
“紫阳”是理学大师朱熹的号，人们以此名其书院大多是为了纪念他和尊崇理学
在众多“紫阳书院”中，徽州、苏州、杭州三地的紫阳书院最为有名
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