中国农业科学院展望未来2000年，柑桔研究所与西南农业大学合并，以西南农业大学管理为主，加挂“中国农业科学院柑桔研究所”的牌子

6月，国家科技部批复，依托中国农业大学和中国农业科学院饲料研究所共同组建国家饲料工程技术研究中心

12月19日，国家农业部批复，依托中国农业科学院作物科学研究所组建国家大豆改良北京分中心

2001年，农业气象所与生物防治研究所合并，组建“农业环境与持续发展研究所”，蚕业所并入华东船舶工业学院，加挂“中国农业科学院蚕业研究所”的牌子

同年，甘肃省草原生态研究所加挂“中国农业科学院草原生态研究所”的牌子

 2002年9月，国家农业部批复，依托中国农业科学院柑桔研究所组建“国家柑桔品种改良中心”

9月27日，农业部批复在中国农业科学院麻类研究所组建国家麻类作物育种中心

12月6-8日，江苏徐州甘薯研究中心和江苏家禽科学研究所增挂“中国农业科学院甘薯研究所”、“中国农业科学院家禽研究所”牌子仪式先后在江苏徐州市和扬州市举行

2003年，国家科技部批准，由华中农业大学和中国农业科学院油料作物研究所共同组建国家油菜工程技术研究中心，依托中国农业科学院果树研究所组建国家苹果育种中心

1月1日，中国农业科学院作物育种栽培研究所与作物品种资源研究所合并，成立作物科学研究所

5月13日，土壤肥料研究所与农业自然资源与区划研究所合并重组，暂名为中国农业科学院农业资源与农业区划研究所

7月8日，中国农业科学院农业质量标准与检测研究所正式成立

8月18日，国家农业部批复，依托中国农业科学院茶叶研究所组建国家茶叶改良中心

8月25日，中国农业科学院甜菜研究所与黑龙江大学合并仪式在黑龙江大学举行

12月，国家科技部批复，在中国农业科学院水稻研究所建立水稻生物学国家重点实验室

 2004年8月，经国家发改委、农业部批准，依托中国农业科学院烟草研究所组建国家烟草改良中心

12月19日，中国农业科技东北创新中心在吉林省农业科学院揭牌

2005年3月，国家科技部批复，在中国农业科学院畜牧研究所和中国农业大学共同建立动物营养学重点实验室

北京畜牧兽医研究所、哈尔滨兽医研究所、兰州兽医研究所和上海兽医研究所分别加挂中国动物卫生与流行病学中心北京分中心、哈尔滨分中心、兰州分中心、上海分中心的牌子

2006年7月26日，国家科技部批准在中国农业科学院兰州兽医研究所建立家畜疫病病原生物学国家重点实验室

11月15日，国家科技部批准，依托中国农业科学院作物科学研究所组建全国农作物种质资源野外观测研究圃网

 2016年6月1日，由中国农业科学院和荷兰瓦赫宁根大学共同建立的中荷畜禽废弃物资源化中心在中国农科院成立

 2017年5月26日，中共中央总书记、国家主席、中央军委主席习近平致信祝贺中国农业科学院建院60周年，向全体农业科研人员和广大农业科技工作者致以诚挚问候

并指出中国农业科学院要面向世界农业科技前沿、面向国家重大需求、面向现代农业建设主战场，加快建设世界一流学科和一流科研院所，勇攀高峰，率先跨越，推动我国农业科技整体跃升，为实现“两个一百年”奋斗目标、实现中华民族伟大复兴的中国梦作出新的更大的贡献

中共中央政治局常委、国务院总理李克强作出批示表示祝贺

 2020年9月9日，中国农业科学院科学技术协会成立

 2022年1月，中国农业科学院、淄博市人民政府共建中国农业科学院数字农业农村研究院（淄博）合作框架协议签约仪式举行

 2022年8月14日，中国农业科学院黑河大豆研究中心建设推进会在黑龙江黑河召开，会上，中国农业科学院作物科学研究所、黑龙江省农业科学院、黑河市人民政府、大北农集团四方共同签署共建协议

同时，“中国农业科学院黑河大豆研究中心”正式成立

 2022年8月28日，中国农业科学院生物安全研究中心在中国农业科学院上海兽医研究所成立

 2023年7月12日，中国农业科学院农产品加工与营养健康研究院（沧州）揭牌仪式举行

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