中国人民解放军总医院第五医学中心学科发展迅速医院设有31个临床、辅诊科室、中国人民解放军传染病研究所和全军中药研究所
在坚持“大专科、小综合”的发展模式下，重点加强了“传染病研究所、小儿肝病科、老年肝病科、中西医结合肝病科、重症肝炎科和肝硬化科”等特色科室的建设
在巩固自身专科优势的同时，新组建了“感染内科、肝胆外科、透析科和基因诊断治疗研究室”，增设了“皮肤性病和艾滋病”诊断治疗室，使医院学科设置更趋合理、更加完善，学科特色更加明显
医院被确定为“军队艾滋病与病毒性肝炎防治重点实验室”、“全军临床药理基地”，传染病研究所被总后卫生部确立为全军医学专科中心“重中之重”学科，“临床中药学”被列为国家中医药管理局军队系统中医药重点学科
医院是全军传染病与寄生虫病学专业委员会主任委员和全军病毒性肝炎防治技术指导组组长单位，是北京市基本医疗保险定点医疗机构和北京大学等七所军内外医学院校的教学医院
医院出版国家级杂志《传染病信息》公开向国内外发行，并被列为中国期刊方阵“双效期刊”
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