宁琦所获荣誉著作《现代俄语模型句法学》（吴贻翼，宁琦）于2002年12月荣获北京市第七届哲学社会科学优秀成果二等奖；2004年度北京大学“朱光潜”奖教金；2004年度北京大学优秀教学成果一等奖（集体，排名3）；2007年度北京大学优秀党务和思想政治工作者；2007年度北京大学模范工会主席；2013年度北京大学方正优秀教师奖；2015年度北京大学优秀党务和思想政治工作者；2017年度北京大学优秀党务和思想政治工作者——李大钊奖；2017年度北京大学教学成果奖特等奖（主持人，排名1）；2017年度北京市高等教育教学成果奖一等奖（主持人，排名1）；2018年高等教育国家级教学成果奖二等奖（主持人，排名1）；2018年获颁俄罗斯联邦独联体事务、俄侨和国际人文合作署“友谊与合作”荣誉奖章

2020年4月获颁2020北京市三八红旗奖章；2020年6月获颁北京大学优秀共产党员标兵

2021年7月北京大学优秀党务工作者奉献奖；2021年9月获颁北京市高等学校教学名师奖；2021年北京大学教学成果奖特等奖（主持人，排名1）；2021年北京大学教学成果奖一等奖（排名3）

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