吴南轩复旦校长1936年，吴南轩开始兼任复旦大学代理校长

相对于在清华那段人人诟病的经历，在复旦，吴南轩的口碑要明显好很多

彼时的复旦，与其他众多高校一样，也处于在战火纷飞中寻找安全栖身之处的境遇

1937年“七七事变”后抗日战争全面爆发，8月，日军进攻上海，复旦大学校舍多处被炸，9月，因淞沪战事激烈，复旦大学暂借复旦中学开学

不久，复旦与大夏大学组成联合大学，以复旦为主称联大第一部，迁校址于江西庐山

以大夏为主称联大第二部，迁校址于贵阳

当时，复旦的重要档案、文件、部分贵重仪器、图书和设备，装成了10个大木箱，从淞沪铁路江湾火车站出发

吴南轩带领百余名学生，直奔南京，浩浩荡荡向江西方向出发

10月，联大第一部借庐山普仁医院为校址，租胡金芳旅社等处为宿舍，师生800余人开始上课

12月，南京失守，江西战事吃紧，复旦师生继续内迁

此时学校已囊尽粮绝，恰巧国家教育文化救助组陈立夫组长路过庐山，吴闻讯后，连夜在严冬皑皑的白雪中，由工友提着灯笼，边跌边走，终于见到陈，雪中求炭，借得一万元回寓所，马上传令第二天下山奔赴武汉

后经复旦领导层几次研究，认为武汉地处华中要地，交通、住所一定很紧张，开支较大，最终选择先到宜昌，再由宜昌迁至重庆

数天后，从宜昌乘船驶往四川重庆

刚到重庆千厮门码头，复旦大学师生就受到了闻讯赶来的复旦中学师生的热烈欢迎，复旦中学董事长康新之先生还将复旦大学师生安排在菜园坝中住宿，在这里，复旦大学还利用间隙补上了上学期未尽课程

吴在渝广得校友的援手，在四川省政府会议中获得10万元的建校经费，慨然把其中5万元分赠给复旦中学，以偿入川初的“人情债”

在觅址建校上，也深得各方谦让、谅解，觅得北碚对岸夏坝数百亩土地为校址，先在夏坝东边黄桷镇，用了一座小学的校舍、一座古庙、一处煤炭坪和王家花园一幢别墅，作为办公室和部分教授宿舍

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