京都大学交流合作实行对外开放，重视国际交流，亦是京都大学在国际上知名度不断提高的一个重要原因
京都大学每年要派出近百名研究生出国学习
至于教员出国研究、调查、讲学、参加国际会议等活动则更多，每年超过1500人次
学校鼓励以个人、系、专业、研究等多种形式对外交流和开展合作，包括邀请国外学者携带课题来京大进行长期或短期合作研究
到1990年5月止，京都大学已接收来自世界55个国家和地区的764名留学生、600名访问学者和研究人员，并同中国的清华大学、北京大学、同济大学、武汉大学、复旦大学等校签订了校际交流协议
2018年7月3日，京都大学高等研究院代表团一行来访上海科技大学物质科学与技术学院，双方签署了学术合作备忘录并举行了联合学术研讨会
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