北京大学物理学院科研机构据2015年12月学院官网显示，有研究机构7个，研究系所8个，其他研究机构7个，其中国家级重点实验室3个，北京市重点实验室1个，教育部网上合作研究中心1个
国家级重点实验室：人工微结构和介观物理国家重点实验室、核物理与核技术国家重点实验室、北京大学-兰州重离子加速器国家实验室联合青年核物理中心北京市重点实验室：医学物理和工程北京市重点实验室 教育部网上合作研究中心：核科学与核技术教育部网上合作研究中心 研究系所：理论物理研究所、凝聚态物理与材料物理研究所、现代光学研究所、重离子物理研究所、等离子体物理与聚变研究所、技术物理系、天文学系、大气与海洋科学系
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