北京大学工学院生物医学工程系学科专业自2010年起，生物医学工程系正式招收本科生，并启动了本科生教学培养的一系列工作
本专业注重“强化基础、重视素质、追求创新”，致力于培养具有扎实的理论基础和专业知识、良好的综合能力和创新意识的生物医学工程领域的高素质、引领性的复合型人才
生医系还针对不同学科背景研究生深入开展硕士生、博士生培养
一级学科博士点：生物医学工程博士点：生物力学与医学工程、生物医学工程硕士点：生物力学与医学工程、生物医学工程联合博士项目：生物医学工程主要开设课程包括生物医学工程概论、生物医学工程的数学基础、生物医学工程的生物学基础、生物传感器和生物医学仪器、生物医学系统的建模和仿真、生物医学材料、纳米/微米和单分子技术、生物力学（固体、流体和细胞力学）、激光医学、磁共振原理和序列设计基础等
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