南京大学匡亚明学院专业设置理科强化班本科学制四年，旨在培养培养具有良好科学精神、人文素养、宽厚学科基础、突出创新能力的拔尖人才，注重早期科学研究训练
在教育模式上，理科强化班秉持学院大理科教育模式之精神，将基础学科按学科群分为数学与信息科学、物理与天文学、化学与生命科学、交叉学科四大类，设有数学、计算机、天文、物理、生物物理、化学、生物、生物化学等八个学科方向
理科强化班的学生入学后按“多次选择、逐步到位”的方式逐步确定自身的学科方向，大一学年与大二学年接受通识教育和大理科基础教育，大三学年再最终确定方向进行专业课的学习
理科强化班学生评奖比例高于南京大学其他各院系，借阅图书享受研究生待遇，学院还配备了网络教学实验室供学生使用
同时，科学研究训练将与理论课程、实验实践课程一样受到重视，理科强化班学生可以自由选择研究课题、导师，在本科阶段接受初步科研训练
毕业后，有超过50%的学生被免试保送研究生，超过40%的学生被国外高校录取，出国深造
由国家首批教学名师卢德馨教授领衔的大理科基础平台课程教学团队是国家级教学团队
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