复旦大学软件学院科学研究学院在学科建设和布局上，突出强调以互联网和物联网时代的信息化需要为特征，着力构建从系统底层软件到应用层乃至商务应用模式的完整纵向研究体系

近年来承担了多个国家973、863、核高基科技重大专项、国家自然科学基金和省部级科研项目，2014年“移动应用恶意行为检测控制的基础理论与关键技术” 项目入选国家973青年科学家专项计划，实现了学院973首席科学家称号“零” 的突破

学院教师获国家发明专利授权多项，在系列国际顶级学术会议和重要学术期刊上发表了多篇高质量论文，在软件工程领域最顶级会议国际软件工程大会ICSE、系统结构领域最顶级会议国际计算机系统结构研讨会ISCA和Micro、密码学领域最重要会议欧洲密码会以及国际并行处理研究领域重要会议国际并行处理大会上发表了论文，先后承办了在相关领域中有较大影响的多个国际学术会议

学院教师在系统软件、软件工程、互动媒体、信息系统、密码学与信息安全等研究领域颇有建树，并在国内外具有相当的学术影响力

 学院坚持走产学研相结合的道路，在张江校区建立了诸多企业联合实验室，如与IBM公司共建了“IBM技术创新中心”，和Intel（中国）研究院合作筹建了“复旦—英特尔联合创新中心”，与东京大学、捷码公司共建了“uID/RFID开放实验室”，与花旗银行共建了“花旗联合实验室”等，形成了科研与产业的有效结合

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