南京大学地球科学与工程学院科研支撑地球科学与工程学院设有“内生金属矿床成矿机制研究”国家重点实验室，拥有设备齐全的实验分析系统，能够开展各类地质样品的微区、常量和微量元素分析、同位素分析、包裹体研究及成岩成矿实验等，拥有电子探针分析仪、微区X射线衍射仪、扫描探针显微镜、紫外/可见/近红外分光光度计、高分辩率等离子质谱仪、等离子发射光谱仪、表面热电离同位素质谱仪、稳定同位素质谱仪、连续流质谱仪、包裹体温度-盐度测定装置、显微激光拉曼探针等先进仪器设备及磨片-制样室
依托学院师资，建立了花岗岩、火山岩及成矿理论研究所、石油与天然气研究中心、地球环境计算工程研究所、表生地球化学研究所，多媒体科教制作中心、矿物材料工程研究中心、核能地质与环境工程研究中心等13个地球科学类研究机构
经教育部与科技部批准，主办了《高校地质学报》
建立了南京大学地球科学博物馆
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