南京农业大学园艺学院发展历史学院其历史可追溯到原国立中央大学园艺系（1921年）和原金陵大学园艺系（1927年）

 1921年，国立东南大学（后为国立中央大学）在国内首先创办园艺系

1927年，私立金陵大学设立园艺系

新中国成立后两所大学分别更名为国立南京大学和公立金陵大学

1952年，国立南京大学农学院和公立金陵大学农学院合并成立南京农学院，原两校园艺系的主要师资调往浙江农学院（后更名为浙江农业大学，现并入浙江大学）和山东农学院（即现山东农业大学），仅保留部分师资成立南京农学院果蔬教研组，归并入农学系

1958年，恢复第一届果树蔬菜专业本科生招生

1965年，从农学系分开，成立南京农学院园艺系

1972年1月，南京农学院与当时的苏北农学院合并成立江苏农学院时，设园艺系建制

1979年复校至1984年，学校更名为南京农业大学，一直设有园艺系

1982年，学校经国务院学位委员会批准获得蔬菜专业硕士学位授予权

1983年，学校经国务院学位委员会批准在农业院校中第一个恢复观赏园艺本科专业

1985年，学校建立中药材学科，2年制专科开始招生

1986年，学校经国务院学位委员会批准获得果树专业硕士学位授予权，获得蔬菜专业博士学位授予权

1989年，学校经国务院学位委员会批准获得观赏园艺专业硕士学位授予权

1992年，学校建立果树专科班

1993年，学校建立园艺与花卉专科班，蔬菜学科被评为农业部重点建设学科

1994年，学校蔬菜学科被评为江苏省重点建设学科，中药材生产二年制专科升格为四年制本科专业

1999年，学校果树学设立博士点，果树、蔬菜、观赏园艺三个本科专业合并为园艺专业

2000年10月8日，学校撤系建院，成立南京农业大学园艺学院，园艺学一级学科获批博士学位授权点

 2001年，学院与农学院共同组建了作物遗传与种质创新国家重点实验室，“园艺科学与应用”学科群被列为“十五”“211工程”学校八大重点建设学科群之一，果树学、蔬菜学、园林植物与观赏园艺学、中药材科学四个教学机构调整为园艺学系、园林学系、中药材科学系等三个系

2002年，学院蔬菜学科被评为国家重点学科

2003年，学院获准设立“设施农业科学与工程”本科专业，2004年开始招生，增设观赏园艺博士点（自主设置）、中药学设立硕士点

2004年，学院增设药用植物学、设施园艺博士点（自主设置）

2005年，学院在建筑学一级学科下，设立了“城市规划与设计（含风景园林规划与计）”二级学科硕士点

2006年，学院果树学科被列为江苏省重点建设学科，园艺专业被评为江苏省特色专业

2007年，学院蔬菜学科在国家重点学科考核评估中进入新一级建设行列

2008年，学院成立农业部南方蔬菜遗传改良重点开放实验室，园艺学一级学科被认定为江苏省重点学科，“园艺科学与应用”被列为“211工程”三期建设项目，园艺专业升格为江苏省品牌专业点

2009年，学院园艺专业被确立为国家特色专业建设点，园艺学一级学科被认定为江苏省一级学科国家重点学科培育建设点，教育部批准成立“园艺作物种质创新与利用工程研究中心”，农业部批准建设“国家果梅杨梅种质资源圃”

2013年，学院设中药学硕士学位授权一级学科点

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