南京农业大学工学院学科建设截至2019年9月学院官网显示，学院拥有1个博士后科研流动站、1个一级学科博士点、3个二级学科博士点、3个一级学科硕士点、9个二级学科硕士点、3个专业硕士学位授权类别、4个专业硕士学位授权领域
博士后科研流动站：农业工程一级学科博士点：农业工程二级学科博士点：农业机械化工程、农业电气化与自动化、农业生物环境与能源工程一级学科硕士点：农业工程、机械工程、管理科学与工程二级学科硕士点：农业机械化工程、农业电气化与自动化、农业生物环境与能源工程、机械设计及理论、机械制造及其自动化、机械电子工程、车辆工程、管理科学与工程、检测技术与自动化装置专业硕士学位授权类别：电子信息、机械、工程管理专业硕士学位授权领域：农业工程、机械工程、物流工程、农业机械化
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