南京农业大学马克思主义学院办学历史学院前身可溯源至1952年设立的马列主义教研组

1960年5月，更名为马列主义教研室（简称“马列室”），成为学校直属单位

1986年6月，马列室更名为社会科学部（简称“社科部”），承担全校思政课教学与研究工作

1993年5月，创办“公共关系与秘书”2年制专科专业

1995年，创办“社会学”4年制本科专业及“工商行政管理”成人教育专业

1996年，“科学技术哲学”硕士点获农业部批准招生

1996年9月，社科部与德育教研室、基础课部的外国语教研室合并组建人文社会科学学院（简称“人文学院”）

人文学院下设的社会科学系，负责全校的“两课”教学与研究工作

2000年，人文学院与中国农业遗产研究室合并，社会科学系更名为“两课”教研中心

2005年10月，校直属思想政治理论课教研部（简称“思政部”）成立，与人文学院合署办公，继续负责全校思政课教学工作

2007年，思政部新增“马克思主义基本原理”、“思想政治教育”两个硕士点

2010年，获哲学一级学科硕士授权点

2011年5月，思政部与人文学院分设

2015年6月，思政部更名为政治学院

2017年10月，成立马克思主义学院，与政治学院一个机构，两块牌子

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