内蒙古科技大学包头医学院院系设置截至2022年5月，学校设有研究生院、临床医学部、基础医学与法医学院、公共卫生学院、护理学院、医学技术与麻醉学院、口腔医学院、儿科临床医学院、药学院、中医学院、精神卫生学院、人文社科与外国语学院、马克思主义学院、运动康复学院、计算机科学与技术学院、全科医学院、国际交流学院、卫生健康学院等18个学院（部）；设临床医学部，统筹协调10个临床医学院和1个精神卫生学院临床教育教学工作
学校有附属医院、教学医院和实习医院32所，其中2所为直属附属医院，社区卫生实践基地11个
有预防医学专业实践教学基地31个、药学专业实践教学基地7个、法医学专业实践教学基地11个，还有其他专业实践教学基地31个
直属附属医院：内蒙古科技大学包头医学院第一附属医院、内蒙古科技大学包头医学院第二附属医院
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