新疆第二医学院院系专业学校设有基础医学院、公共卫生学院、药学院、临床医学院、口腔医学院、护理学院等14个二级学院，开设临床医学、口腔医学、中西医临床医学、麻醉学、护理学、药学、医学影像技术、医学检验技术、卫生检验与检疫、信息管理与信息系统以及公共事业管理11个专业
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