中国科学院深圳先进技术研究院科研部门据2017年3月研究院官网显示，研究院拥有6个研究所和1个研发中心，外溢机构有5个、创新与育成中心有2个

2006年-2015年期间，共建设62个国家/省部及市级创新载体

其中：国家级创新载体7个；重点实验室22个，包括中科院重点实验室2个，广东省重点实验室4个，深圳市重点实验室16个；工程实验室18个；工程中心6个；公共技术平台16个

 研究所/研发中心中国科学院深圳先进技术研究院机构名称下设单位中国科学院香港中文大学深圳先进集成技术研究所智能仿生研究中心、人机交互研究中心、汽车电子研究中心、智能传感器研究中心、精密工程研究中心、集成电子研究中心、先进材料研究中心、认知技术研究中心、光伏太阳能研究中心，环绕式智能研究室、半导体设备研究室、文化集成研究室以及多媒体研究室 生物医学与健康工程研究所保罗·劳特伯生物医学成像研究中心、神经工程研究中心、医疗机器人与微创手术器械研究中心、生物医学信息技术研究中心、转化医学研究与发展中心、生物医学光学与分子影像研究室、医学图像与数字手术研究室、微纳系统与仿生医学研究中心 先进计算与数字工程研究所中国科学院超算深圳中心 生物医药与技术研究所纳米医疗技术研究中心、抗体药物研究中心、人体组织与器官退行性研究中心、合成生物学工程研究中心、基因与细胞治疗研究室、生殖健康研究室、发育与再生生物学研究室、食品安全与环境技术研究室 广州中国科学院先进技术研究所精密工程研究中心、水科学研究中心、电子与计算机技术研究中心、生物工程研究中心、机器人与智能装备中心 SIAT-MIT麦戈文联合脑认知与脑疾病研究所脑认知与类脑智能研究中心、神经发育与退行性脑疾病研究中心、基因脑疾病动物模型研究中心、脑功能图谱解析研究中心 中国科学院电动汽车研发中心-----------------------------外溢机构深圳创新设计研究院、深圳北斗应用技术研究院、济宁中科先进技术研究院、天津中科先进技术研究院、中科创客学院、苏州中科先进技术研究院、珠海中科先进技术研究院、杭州中科先进技术研究院、武汉中科先进技术研究院、山东中科先进技术研究院 创新与育成中心中国科学院深圳现代产业技术创新和育成中心、上海嘉定先进技术创新与育成中心 重点实验室国家工程实验室：高密度集成电路封装技术国家工程实验室广东重点实验室：广东省机器人与智能系统重点实验室中科院重点实验室：中科院生物医学信息与健康工程学重点实验室深圳市重点实验室：深圳市低成本健康重点实验室、深圳市射频集成电路重点实验室、深圳市电动汽车动力平台与安全技术重点实验室、深圳癌症纳米技术重点实验室、深圳市生物医学成像关键技术工程实验室、深圳市神经工程与精神健康重点实验室、深圳市高性能数据挖掘重点实验室 开放实验室中国科学院深圳超算分中心、MRI成像开放实验室、光伏太阳能电池实验室、先进材料实验室、汽车电子实验室、精密工程实验室、人机交互实验室、人机控制实验室、微纳制作实验室、纳米技术实验室、细胞与分子生物学实验室、可视计算实验室、智慧计算与信息科学实验室、产品与工程仿真实验室 联合实验室高速EPS包装联合实验室、美的联合仿真实验室、THz医学影像联合实验室、先进院—爱思宝联合实验室、经典生命科学研究联合实验室、三网融合先进视频工程联合实验室 

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