中国科学院西北高原生物研究所合作交流国际交流根据2016年1月研究所官网显示，中国科学院西北高原生物研究所与俄罗斯国家医药科学院西伯利亚分院、丹麦哥本哈根大学、俄罗斯国家病毒学与生物技术研究中心、英国阿伯丁大学环境与生物研究所等机构进行了学术交流活动，与日本国立环境研究所、日本农业环境技术研究所、德国马堡大学、美国加利福尼亚州立大学、美国科罗拉多大学进行了科研项目合作，参加了“欧亚大陆禽流感传播与迁徙鸟类”国际研讨会、国际哺乳动物大会等学术会议

 2012年，研究所共派出因公出访交流人员11批16人次，接待来访人员21批40人，组织外国专家学,术报告8 人次，签定国际合作协议2项，与美、英、 德、 俄、 瑞士等国知名学术机构的科学家和研究人员合作，开展青藏高原生物多样性、 全球变化生态学、 动物生态学、 植物系统分类学、 流感病毒学、 中药学等领域的合作与交流

 院地合作2012年，中国科学院西北高原生物研究所分别与青海大学、 甘肃农业大学、 西南民族大学、 甘肃中医学院协议共建 “国家三江源生态与环境保护协同创新中心”、 “西北旱作农业研究协同创新中心”、 “青藏高原生态保护与畜牧业发展协同创新中心” 和 “西北中藏药协同创新中心”，分别与安捷伦科技有限公司、青海鲁抗大地药业、 青海高健生物科技有限公司和青海紫阳生物科技有限公司共建中国科学院西北高原生物研究所与安捷伦科技有限公司联合实验室”、 “中国科学院西北高原生物研究所与青海鲁抗大地药业有限公司联合实验室”、 “西北高原生物研究所 & 高健生物科技联合研发中心”和 “西北高原生物所 & 青海紫阳生物科技联合研发中心”

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