中国科学院水生生物研究所合作交流据2016年1月研究所官网显示，在2006年到2016年间，中国科学院水生生物研究所先后派出科技人员近600人次到近30个国家和地区进行合作研究、进修或短期访问，同时接待了来自近40个国家的专家2000多人次进行学术交流、合作或进修
研究所作为核心成员加入大的国际合作研究计划，如美国的“Tree of Life”研究计划，还发起多边国际合作，如淡水豚类联合调查项目、主办国际人工湿地培训班等
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