中国科学院南海海洋研究所设备资源据2017年9月研究所官网显示，研究所拥有“实验1”号、“实验2”号和“实验3”号三艘大型海洋科学考察船；还拥有仪器设备公共服务中心、海洋环境检测中心、南海海洋生物标本馆和海洋信息服务中心
仪器设备公共服务中心截至2014年9月，仪器设备公共服务中心下设三个技术服务平台：海洋生物分析平台、海洋环境与工程分析平台和船载海洋观测平台
海洋生物分析平台有仪器15台，设7个仪器组：核磁共振组， 主要负责500MHz AV500超导核磁共振波谱仪的日常运行、测试服务和维护；显微结构分析组，主要负责的仪器有日立S-3400N扫描电子显微镜、系列荧光显微镜等；流式细胞仪组，主要负责的仪器有BDDisvantage流式分选仪，流式细胞分析仪；叶绿素分析组，主要负责的仪器有叶绿素荧光测定仪，MINI-PAM便携式叶绿素荧光仪；色谱-质谱分析组， 主要负责的仪器有 高效液相色谱仪、制备色谱仪以及液质联用分析仪等；功能基因组分析组，主要负责的仪器有GenomeLab GeXP多重基因表达遗传分析系统;荧光定量分析仪等以及蛋白质组学研究系统；元素分析组，主要负责的仪器有流动式注射分析仪，液体闪烁计数仪，荧光/磷光/发光分光光度计等
海洋环境与工程分析平台有仪器73台套，设6个仪器组：高能计算机组，主要负责的仪器有戴尔刀片式服务器；浮标系统与近海物理海洋观测仪器组，主要负责物理海洋学浅海观测仪器（海洋剖面仪、海流计、波浪骑士等）；地质样品分析仪器组，主要负责的仪器有超导岩石磁力仪、辅助交变退磁仪、热退磁仪、脉冲磁化仪等；工程地质仪器组，主要负责近海工程地质测量的仪器设备的使用管理、维护、保养等；海洋环境地球化学组，主要负责的仪器有激光粒度分析仪、离子色谱仪、离子体原子发射光谱等；海洋化学分析组，主要负责的仪器有伏安极谱仪，液芯波导光纤系统
船载海洋观测平台为南海海洋研究所“实验1号”、“实验2号”、“实验3号”科学考察船的船载海洋观测平台，有仪器近二十台套，按仪器功能设四个仪器组：地震组，主要负责的仪器有SERCEL海洋多道数字地震采集系统（包括数字地震仪、数字电缆和气枪）、XS3200深水浅地层剖面仪系统等；海洋重磁组，主要负责的仪器有KSS30重力仪、SEASPY磁力仪；测深与定位组，主要负责的仪器有旁侧声纳、多波束、回声探测仪、卫星导航定位系统和科学考察船的绞车管理；物理海洋仪器组，主要负责“实验1号”、“实验3号”科学考察船上的温深盐仪、多波速海流计、海气边界层通量测量系统、湍流细微构造观测剖面仪等
标本馆据2017年9月研究所官网显示，中国科学院南海海洋研究所海洋生物标本馆馆藏标本总量为5000多种，20多万号
标本馆收藏了中国科学院南海海洋研究所1959年建立以来历年采集以及馆际交流和国际友人赠送的标本，涉及到的种类及样本数有海藻、多孔动物门、腔肠动物、环节动物、软体动物、节肢动物、苔藓动物门，棘皮动物,浮游动物、鱼类、原生生物、栉水母动物、毛颚动物、、被囊动物、爬行类、鸟类、哺乳动物等；还有鹦鹉螺、虎斑贝、唐冠螺、海龟、玳瑁、中华白海豚等珍稀、濒危动物标本和珍贵的南极企鹅标本
按主要类群统计标本数类型数量类型数量第1类：大型藻类19421第6类：石珊瑚标本1837第2类：水螅海葵类1540第7类：浮游动物61380第3类：腹足类15514第8类：软珊瑚310第4类：双壳类18203第9类：腔肠动物海绵类253第5类：鱼类19130第10类：棘皮类356第11类：甲壳类虾类11240第13类：掘足类1359第12类：环节动物寡毛类1563第13类：苔藓类12056第13类：多毛类1332第13类：其他15620 馆藏资源据2017年9月研究所官网显示，中国科学院南海海洋研究所图书馆藏书达二十余万册
其中中外文海洋及相关学科期刊3000余种十万余册，中外文海洋图书资料八万余册，海洋资料、海图、地形、地质等图件近2万份，卫星照片近7千余片，每年入藏中外文海洋期刊600余种
馆藏文献的专业内容涵盖了海洋科学技术的各个领域，主要包括海洋水文学、海洋气象学、海洋物理学、卫星海洋学、海洋化学、海洋生物学、海洋地质学、海洋水产及鱼病研究、海洋资源环境研究、海洋工程、海洋调查与观测技术设备等
馆藏文献品种除图书、期刊外，还有各种工具书、会议录、技术报告、备忘录、卫星照片及其他声像资料
拥有CNKI科技类期刊数据库、CNKI科技类博硕士学位论文数据库、维普中文科技期刊库、方正中文电子图书、《中国科学》杂志社等中文全文数据库资源 ；拥有AGU、ACS、BioOne、Elsevier ScicenceDirect、ESA、GeoScienceWorld、Knovel Library工具书、MyLibrary电子图书、MyLibrary电子图书、Nature Geoscience、NetLibrary电子图书、NRC、PQDT-博硕士论文全文数据库、Science online、SpringerLink电子期刊、Springer电子图书等外文全文数据库资源
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