中国科学院南海海洋研究所学科建设据2017年9月研究所官网显示，研究所拥有1个博士后流动站、1个一级学科博士点、4个二级学科博士点、7个二级学科硕士点
博士后流动站：海洋科学一级学科博士点：海洋科学二级学科博士点：物理海洋学、海洋生物学、海洋地质、环境科学 二级学科硕士点：物理海洋学、海洋生物学、海洋地质、环境科学、地质工程、环境工程、生物工程
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