中国科学院国家空间科学中心科研部门据2020年4月中心官网显示，中心主要由空间科学规划论证中心、空间科学工程管理中心、国家空间天气科学中心、中国科学院月球与深空探测总体部（院非法人单元）、中国科学院空间环境研究预报中心（院非法人单元）组成；建有国家重点实验室1个、中科院重点实验室3个北京市重点实验室1个、野外台站4个，是中科院月球与深空探测总体部的依托单位和中科院空间环境研究预报中心的挂靠单位，是中国空间科学学会、国家空间科学专家委员会办公室、中国科学院空间环境研究预报中心、国家空间天气科学中心（筹）、COSPAR中国委员会、国际空间科学研究所北京分部（ISSI-BJ）等学术组织和机构的挂靠单位
国家重点实验室：空间天气学重点实验室中国科学院重点实验室：微波遥感技术院重点实验室、复杂航天系统电子信息技术院重点实验室、空间环境态势感知技术院重点实验室北京市重点实验室：天基空间环境探测北京市重点实验室野外台站：海南探空部/海南空间天气国家野外科学观测研究站、广州宇宙线观测站、廊坊临近空间环境野外站及北京延庆空间物理观测站
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