中国科学院亚热带农业生态研究所科研部门根据2016年1月研究所官网显示，研究所设有区域农业生态、畜禽健康养殖、作物耐逆境分子生态等三个研究中心，拥有中国科学院重点实验室1个，省重点实验室1个，省级工程中心2个，设立有4个野外站
中国科学院重点实验室：亚热带农业生态过程重点实验室 省重点实验室：农业生态工程湖南省重点实验室省级工程中心：湖南省畜禽健康养殖与环境控制工程中心、广西石漠化治理工程技术研究中心所级研究站：桃源农业生态系统观测研究站、环江喀斯特生态系统观测研究站、洞庭湖湿地生态系统观测研究站、长沙农业环境观测研究站
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