中国科学院亚热带农业生态研究所科研成果根据2016年1月研究所官网显示，研究所先后承担国家973和支撑计划项目（课题主持）、国家杰出青年基金和国家自然科学基金重点项目、百人计划项目、中国科学院院知识创新重大项目和重要方向项目等重要科研任务共173项，获得国家及省部级奖85项，出版学术专著51本，发表学术论文639篇，申请专利77项

 该所在进入知识创新工程试点后，科技产出数量快速增长

其中，“广西喀斯特地区生态环境建设与农村经济发展模式”成果入选中国科学院知识创新工程科技成就进展90项成果之一；4项成果获得省部级以上科技进步奖，其中“亚热带丘陵区农业有机资源利用与土壤养分调控研究”新近获得2005年湖南省科技进步一等奖

培育并通过审定3个适合我国南方种植的玉米新品种，申请与授权发明专利15项

研究所和长沙县人民政府、湘丰茶厂签订了共建“农业环境与农产品安全试验站”的合作协议

试验基地茶厂各项指标全部达到出口欧盟的标准，新建立的600亩有机茶园通过了有机认证，成为湖南省农业龙头企业

 项目猪日粮功能性氨基酸代谢与生理功能调控机制研究荣获2016年自然科学二等奖 

国家科学技术进步奖项目名称奖项名称获奖年份仔猪肠道健康调控关键技术及其在饲料产业化中的应用国家科学技术进步奖二等奖2010畜禽氮磷代谢调控及其安全型饲料配制关键技术研究与应用国家科技进步奖二等奖2008猪饲料养分回肠消化率及有效氨基酸需要量国家科技进步奖三等奖1995 

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