中国科学院国家天文台南京天文光学技术研究所科研部门据2016年3月研究所官网显示，中国科学院国家天文台南京天文光学技术研究所建设运行有1个中国科学院重点实验室，设立的科研部门有：5个国家重点实验室和2个研制中心，并建有主动光学、系外行星探测、自适应光学、激光光谱技术、主动面板、镀膜、低温等20多个专业实验室
实验室：望远镜新技术研究室、太阳仪器研究室、天文光谱和高分辨成像技术研究室、镜面技术实验室、大口径光学技术研究室 中国科学院重点实验室：中国科学院天文光学技术重点实验室 研制中心：望远镜工程中心、南极天文技术中心
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