中国科学院上海应用物理研究所科研部门根据2015年12月研究所官网显示，中国科学院上海应用物理研究所是国家重大科学工程—上海光源（SSRF）工程的承建单位和运行单位，研究所有国家科学中心1个，中国科学院重点实验室（中心或研究院）4个，上海市重点实验室1个
国家科学中心：上海光源国家科学中心（筹） 中国科学院重点实验室（中心或研究院）：中国科学院核辐射与核能技术重点实验室、中国科学院微观界面物理与探测重点实验室、中国科学院上海大科学中心、中国科学院先进核能创新研究院 上海市重点实验室：上海市低温超导高频腔技术重点实验室
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