中国科学院上海应用物理研究所合作交流根据2015年12月研究所官网显示，中国科学院上海应用物理研究所与英国、瑞士、德国、意大利、俄罗斯、美国、澳大利亚、日本、韩国、新加坡、泰国、巴西等国家的60多个同步辐射及核科学研究机构建立了所级合作关系，研究所于2001年作为STAR的正式成员单位，加入了美国RHIC的合作组
1997年，研究所加入中美高能物理合作计划，2000年加入中日据点大学合作计划，2001年加入RHIC-STAR国际合作组，2007年加入探索中微子质量起源的重要国际项目——CUORE
1986年，研究所首次举办了“国际原子能机构亚太地区辐射应用学术研讨会”，1994年举办了第四届国际核子微探针学术会议，2006年举办了第十九届极端相对论性核-核碰撞国际会议等
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